מומחי המרכז לרפואת שינה מטפלים בהפרעות השינה על סמך ממצאי הבדיקות והראיון הקליני. על פי המקרה הטיפולים כוללים שימוש בתרופות שינה, ו/או תרופות אחרות, המלצות בדבר שינויים בהרגלי שינה, או הרגלים אחרים הקשורים בשינה, המלצות בדבר ניתוחי אף אוזן גרון, או טיפולים דנטליים לשיפור תפקודי הנשימה בשינה, או המלצה לשימוש במכשיר ה-CPAP לצורך טיפול בהפרעות נשימה בשינה.
חלק מהטיפולים נעשים על ידי מומחי המעבדה, וחלקם על ידי מומחים אחרים, כמו לדוגמה במקרים של טיפולים דנטליים או במסגרת אף אוזן גרון.